מקורו של הצ'י קונג לפני ארבעת אלפי שנים ואף יותר, מקורם בטקסי ריקודים שמשאניים בחלקים שונים של סין. האמונה היא שמקצבים ייחודיים בשילובי תנועות ריקוד פותחו במטרה לחזק את הרוקדים הן פיזית והן מנטאלית בכדי להדוף מחלות. עם הזמן תנועות הריקודים המקוריים עברו תהליכי שינוי שיצרו תרגילי בריאות, אותם ניתן לבצע על בסיס יומי.
ישנה סברה שאחד מהקיסרים האגדיים הונג די הידוע יותר בשמו הקיסר הצהוב תרגל צ'י קונג. ובתקופה זו נמצאת הרפואה הסינית בפריחה והתפתחות. בתקופה סוערת מבחינה לחימתית ( 220- 419 לפנהס"פ) מלומדים פילוסופים, אומני לחימה ונזירים פיתחו תרגילים מגוונים. הם קיוו לקדם שלוש מטרות מרכזיות: לוחמה, רפואה ומדיטציה, המקדמת עבודה רוחנית. מתקופה זו נמצא הצ'י קונג בפיתוח מתמיד עד עצם היום הזה.
הסינים הטאואיסטים היו הראשונים לתרגל את סדרות הצ'י קונג ובמשך השנים גם הבודהיסטים והקונפוציונים השפיעו על התפתחות התרגול.
במשך השנים התפתחו סגנונות רבים של צ'י קונג. אמני לחימה, אלכימאים, רופאים, מלומדים,מנהיגים, ואנשי דת ורוח פיתחו עוד ועוד תרגילים במטרה לקדם בריאות, עבודה רוחנית ויכולות הגנה עצמית.
התפתחו סגנונות טאואיסטים, בודהיסטים, קונפוציונים, לחימתיים ובריאותיים.
עקרונות הפילוסופיה והרפואה הסינית עמדו תמיד מאחורי סדרות תנועת הצ'י קונג שהשתנו, התרבו והתפתחו.
נקודת ציון חשובה מאוד בהסטוריה של הצ'י קונג והקונג פו הלחימתי מתרחשת במאה השישית לספירה.בקצרה: בתקופה זו, החלו תרגולי הצ'י קונג במנזר שאולין שנלמדו על ידי נזיר הודי בשם בודידארמה.
מתוך תרגילים אלו התפתחו אמניות הלחימה אשר מכונות במערב בשם שאולין קונג פו. הנזירים,במהלך השנים ועד עצם היום הזה תרגלו, שיפרו והעצימו את אמניות ההגנה העצמית והלחימה תוך שימוש מתמיד בתרגילי מדיטציה, לשיפור הריכוז וכחלק מעבודתם הרוחנית.
הם גם ביצעו שימוש בתרגילי צ'י קונג מתוך כוונה לשפר עוצמה גופנית פנימית וחיצונית, חיבור עם האדמה ושליטה בצ'י בגופם. צ'י קונג לחימתי ידוע הוא סגנון חמשת החיות. גם כיום מתרגלים נזירי שאולין אמנויות לחימה לצד תרגול של צ'י קונג למטרות בריאות והעצמה פנימית.
מאות סוגים שונים של צ'י קונג פותחו ואף שומרו. בינהם סידרת שמונה יחידות רקמה, שמהווה עד היום את אחד התרגילים הידועים ביותר. תרגילים אלו נקשרים בדרך כלל לגנרל יו פאי (1177-1279)שנאמר שפיתח אותם במטרה לאמן את צבאו. נאמר שצבאו לא נוצח מעולם תודות לתרגילים אלו.
